Depuis 1998, l'inventaire régional est engagé dans une opération d'inventaire du patrimoine de la ville de Lyon, qui accompagne le processus de reconnaissance UNESCO.

Cette opération comprend des études topographiques consacrées à des secteurs urbains choisis dans le tisu urbain ancien de la Presqu'ile (secteurs Saint-Nizier, Jacobins et République) ou dans des quartiers périphériques en mutation urbaine rapide (secteurs du Confluent, grande-rue de la Guillotière puis Saint-André à la Guillotière). Elle intègre également une étude thématique du patrimoine industriel des neuf arrondissements étendue en cas de besoin à la proche banlieue ; ainsi que des études ponctuelles ou opérations d'urgence conduites en accompagnement des reconversions, restructurations ou opérations de renouvellement urbain.